شفیعی کدکنی سرودن شعر را از جوانی به شیوهٔ قدمایی آغاز کرد و پس از چندی به سبک نو مشهور به نیما یوشیج روی آورد. با انتشار دفتر شعر در کوچه باغهای نشابور نامآور شد. آثار شفیعی را میتوان به سه گروه انتقادی و نظری و مجموعه اشعار خود وی تقسیم کرد. آثار انتقادی این نویسنده، شامل تصحیح آثار کلاسیک فارسی و نگارش مقالاتی در حوزه نظریه ادبی میشود، که بخشی از آنها در زیر آورده شدهاند. در میان آثار نظری شفیعی کدکنی کتاب موسیقی شعر جایگاهی ویژه دارد و در میان مجموعه اشعارش در کوچه باغهای نشابور آوازه بیشتری دارد. زمزمهها، شبخوانی، از زبان برگ، بوی جوی مولیان، از بودن و سرودن، مثل درخت در شب باران، هزاره دوم آهوی کوهی، صور خیال در شعر فارسی، موسیقی شعر، با چراغ و آینه (در جستجوی ریشههای تحول شعر معاصر ایران)، تصحیح اسرارالتوحید نوشته محمدبن منور، تصحیح تاریخ نیشابور نوشته حاکم نیشابوری، تصحیح آثار عطار نیشابوری، تصحیح مختارنامه، تصحیح مصیبتنامه، تصحیح منطقالطیر، تصحیح اسرارنامه، تصحیح دیوان عطار، تصحیح تذکرةالاولیا و ترجمه آفرینش و تاریخ نیز از جمله آثار محمدرضا شفیعی کدکنی است.
به پیشنهاد علیاکبر فیاض در دانشگاه فردوسی مشهد نامنویسی کرد و در کنکور آن سال نفر اول شد و به دانشکدهٔ ادبیات رفت و مدرک کارشناسی خود را در رشتهٔ زبان و ادبیات فارسی از دانشگاه فردوسی، و مدرک دکتری را نیز در همین رشته از دانشگاه تهران گرفت.
شفیعی کدکنی از سال ۱۳۴۸تا کنون استاد دانشگاه تهران است. بدیعالزمان فروزانفر زیر برگهٔ پیشنهاد استخدام وی نوشته بود «احترامی است به فضیلت او». شفیعی از جمله دوستان نزدیک مهدی اخوان ثالث، شاعر خراسانی، بهشمار میرود و دلبستگی خود را به اشعار وی پنهان نمیکند.
در مهر ۱۳۹۸ در هفتمین دورهٔ جشنوارهٔ بینالمللی هنر برای صلح، «نشان عالی هنر برای صلح» به سببِ بیش از نیم قرن تلاش در اعتلای فرهنگ و ادب پارسی به محمدرضا شفیعی کدکنی اهداء شد.
شفیعی معتقد است که تحولات شعر معاصر فارسی تابعی از متغیر ترجمهاست. این نظرگاه بنیاد کتاب وی «با چراغ و آینه، در جستجوی ریشههای تحول شعر معاصر ایران» را شکل دادهاست. برخی دیدگاههای وی در این کتاب مورد انتقاد برخی قرار گرفتهاست.